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Imprigionati in un bunker sotterraneo dagli scagnozzi della Compagnia, Matt Parkman, HRG e Ted attendono ignari il loro destino che si concluderà con un ordine di condanna a morte da parte dei più elevati vertici della società. Appreso ciò che accadrà, HRG riesce telepaticamente a contattare Parkman e a guidarlo nella realizzazione di un piano di fuga che li porterà insieme a Ted ad evadere e a decidere di dirigersi verso New York, luogo in cui avverrà il disastro nucleare profetizzato da Isaac. Esplosione che è parte centrale del piano che Linderman ha in serbo per Nathan; convocato infatti quest'ultimo nella sua residenza gli svelerà i suoi più intimi segreti e il suo straordinario potere, nonché il progetto di ridare all'umanità speranza sfruttando proprio il disastro nucleare imminente. La rinascita avverrà sotto un nuovo presidente, Nathan, eletto deputato il giorno prima della catastrofe. Quest'ultimo, sembra dapprima sconvolto del tragico evento di cui potrebbe essere complice, ma la sete di potere vince sulla compassione verso la città e verso suo fratello Peter, fautore dell'esplosione. Quest'ultimo intanto recatosi a casa di Mohinder si imbatte in Sylar che lo blocca al muro con la telecinesi; quando si appresta ad assorbire il potere di Peter però, egli si rigenera, si libera e diviene invisibile. Trafitto nel cranio da una scheggia di vetro lanciata da Sylar, cade in uno stato di morte apparente. Mohinder provvidenzialmente annienta Sylar e credendo Peter morto lo conduce a casa di sua madre. Qui tutti piangono la sua morte, Nathan compreso, che si sente perso e responsabile di quanto accaduto. Solo Claire sa cosa fare: trovatasi in casa e pronta a partire con la nonna in Francia, vede Peter e capisce subito che il suo potere rigenerante è ostacolato dalla scheggia; estraendola Petrelli torna a vivere e rigeneratosi spinge Nathan a parlare con Claire del loro rapporto padre/figlia. L'episodio si conclude con Hiro e Ando che nel futuro apprendono il loro fallimento di fronte a una New York devastata dall'esplosione; Hiro ha però l'intuizione di capire meglio gli eventi accaduti, cercando di incontrare Isaac nel suo appartamento. Qui farà però una scoperta e un incontro inaspettati. Isaac morirà infatti come predetto per mano di Sylar cinque anni prima.